但是，过度依靠化学药杀虫防霉也引起了许多问题，如人畜累积毒、环境和粮食污染及害虫抗药性逐渐加强。有调查显示我国40个粮库所采集的米象、谷蠹、玉米象、锯谷盗、赤拟谷盗和锈赤扁谷盗等６个品系的77个虫样，其中抗性虫样约占62％，主要集中在河北、湖北、四川和广东等地。对于害虫抗性的形成，研究者提出了许多理论，如基学说、变学说等，但大都认为多次使用同种药剂会强化害虫对药剂的适应性。目前，因具有良好的扩散性、杀虫效果好、操作简单、成本低的优势，我国约90％的粮库采用磷氢熏蒸防治储粮害虫，其有的地位。
为了解决防治抗性害虫的问题，研究者对熏蒸剂做了大量研究：1、利用辣根素在２８℃时熏蒸处理玉米，两天后发现，辣根素对赤拟谷盗，谷蠹和玉米象有明显抑制效果。2、为了探究玉米氨气熏蒸储藏对毒B1（AFB1）的降解率，设计了熏蒸温度、氨气浓度、熏蒸时间及玉米水分对AFB1降解率的影响实验，再由正交试验及响应面分析得到佳组合：熏蒸温度37℃、玉米水分20％、氨气体积分数7.05％、熏蒸时间96h，玉米实测降解率值为92％。
比较空气、氮气、二氧化碳在研究了玉米使用不同气体（空气、98％Ｎ２、40％ＣＯ２）储藏期间其品质变化规律，结果显示：玉米98％N2和40％CO2气调储藏比常规储藏有明显抑制玉米品质劣变的效果，且CO2效果更显著。大量研究表明，二氧化碳气调储藏的效果较氮气气调储藏要好，但因二氧化碳不能现场制备，只有以购买获得，所以其成本偏高，而氮气来源简单成本低，已在我国粮库得到很好的应用。另外，对于二氧化碳气调储粮，有研究者提出，可将工业废气中的二氧化碳作为来源之一，既能得到二氧化碳，又能减少废气的排放，但这还需要大量研究和验证。目前，仍有许多因素制约气调储粮技术的发展和应用，粮仓气密性的好坏决定气调储藏效果优劣，虽然粮仓可经过改造达到密闭性要求，但增加了成本和劳动量。另外，该技术可造成低氧环境，对粮库作业人员存在生命安全问题。