档案文件在整理过程中要注意维护和保持原有的基础
档案文件是在特定的历史、条件、环境、事件背景下形成的，在整理过程中一定要维护和保持，以便未来再现这种历史联系。档案的整理应该充分利用原有的基础，充分重视和利用先前整理的基础，不要轻易的打乱、重整。
例如业务部门或者文书人员整理的顺序、整理的方法，如果仅因为个人感觉已经落伍，就把它重新打乱、重新按照自已的要求来做，像这种观念是不可取的，我们提倡应该充分的重视和利用之前已经整理好的那种已有的这个基础。
档案的管理现代化发展不断充实和优化整理工作
档案整理工作包括：档案收集、档案整理、档案价值鉴定、档案保管、档案编目和档案检索、档案统计、档案编辑和研究、档案提供利用工作。
随着档案管理现代化的发展，也对档案管理工作的结构产生了新的影响。档案管理目的是提供档案信息为社会实践服务，档案管理系统的结构即根据这一目的而设置。其中每项工作都不可少，并有一定程序。它们组成一个有机整体，为实现档案管理系统整体功能而发挥各自的作用，同时也相互关联、相互制约。
科技档案的保存要做到严格保密
按科技档案存放材料的性质，分不同的密级，专设保密科技档案库，对没有得到当事人授权的情况下发生外泄材料要承担责任，严肃处理，要让科技人员放心归档，方便使用。
要努力开拓科技档案整理的服务项目，在管理办法中要鼓励计划科技档案、科研系统外的科技档案自觉归档或委托代管，要让科技档案涵盖更广的领域，扩大馆藏规模和种类。
档案整理工作方案的制定
为了使积存零散档案文件的整理工作能够顺利地进行，在整理以前，应先了解档案的情况，订出一个整理工作方案。此工作方案包括以下内容:立档单位的历史沿革和档案状况，整理的要求和具体方法，工作程序劳动组织，以及各工作完成时间。根据所要整理的档案状况、数量以及参加整理人数的不同，来针对性制定方案，整理工作方案可详可简。整理工作方案一般以全宗为单位编订。整理互有联系或同类型若干全宗时，也可以合编一个整理工作方案。